本申请公开一种重整制氢替代甲烷的船舶碳减排系统，用于使用LNG作燃料的船舶在运营过程中减少碳排放，满足船舶碳减排要求，其中所述船舶碳减排系统包括LNG燃料供气处理单元、天然气重整制氢单元和CO2液化收集单元，其中所述LNG燃料供气处理单元包括依次连接的LNG储罐、CO2冷凝器和天然气加热器，其中所述天然气加热器的出口连接所述船舶的混合燃料发动机；所述天然气重整制氢单元包括依次连接的重整制氢装置、冷却器、水分脱除装置和CO2分离装置，其中所述CO2液化收集单元包括连接的压缩机、冷却器、所述CO2冷凝器、CO2气液分离器和液态CO2储罐。本申请能够有效解决LNG燃料的碳减排能力不足的问题，且投资相对较少，运营成本低，具有很强的实用性。