本实用新型公开了一种带有保护结构的CNC加工中心专用主轴，包括轴芯，所述轴芯的表面一端装设有外轴，所述外轴的一侧设置有一体式的固定法兰，所述固定法兰的一侧表面开设有螺纹，所述固定法兰的一侧设置有轮齿，所述外轴的另一侧装设有固定键，所述固定键的表面罩设有保护盖，所述保护盖的一端装设有扣件；通过在外轴一端的固定键表面装设保护盖，当该装置在使用结束后，可将保护盖罩设在固定键的表面，通过保护盖防止灰尘与杂质进入固定键的内部，且通常在该装置使用时，通过在轮齿的内部开设积屑槽，当该装置在安装使用时，通过积屑槽内的磁铁可将摩擦产生的金属碎屑吸附，防止碎屑残留在轮齿的表面加剧磨损，从而提高了该主轴的使用寿命。