本实用新型涉及水体微生物采集装置技术领域，且公开了一种浮游动物样品采集装置，包括采集箱，所述采集箱的顶部设置有手持杆，所述手持杆的左侧设置有安装板，所述采集箱的内部设置有第一隔板，所述采集箱的内壁前后两侧之间设置有一端与其内壁右侧固定连接且另一端与第一隔板右侧固定连接的第二隔板。该浮游动物样品采集装置，通过转动手轮来带动两个挡板相对移动，此时不同深度的水就会由通孔分别进入第二隔板上方和下方的腔室中，来单独对不同水深的浮游动物进行采集，通过转动手摇转盘来带动螺旋桨叶旋转，来将采集箱内的水向左排出，加快水由通孔进入和穿过滤网的速度，以此来提高浮游动物的采集效率。