本实用新型公开了一种胞磷胆碱钠药物分离纯化结构，涉及药物制备领域，针对现有胞磷胆碱钠药物分离纯化设备提纯成本高，手续复杂等问题，现提出如下方案，包括电机舱，所述电机舱的顶部固定连接有蒸馏舱，所述蒸馏舱的顶部设置有密封盖，所述电机舱的内腔中通过螺栓固定安装有驱动电机，所述蒸馏舱的内部套设有导热金属内胆，所述导热金属内胆与蒸馏舱之间设置有缠绕在导热金属内胆外圈的加热丝。本实用新型中通过利用加热的手段对胞磷胆碱钠药物进行提纯，一方面实现了对提纯手段的简化，节省了成本，另一方面通过蒸馏结晶的方式让胞磷胆碱钠药物的结晶体出现，并且利用活动环上下活动的方式将结晶体刮下，方便了提纯后的采集。