本实用新型公开了一种新型生物反应器搅拌系统，包括电机、内轴和外轴，电机连接一内轴，内轴上设有第一圆锥齿轮，所述外轴呈管状，内轴穿入外轴上端口，并延伸出外轴下端口，外轴上端连接有第二圆锥齿轮，并通过第三圆锥齿轮与第一圆锥齿轮反向传动；所述外轴中部设有第一叶轮，外轴下端连接一框式支架，框式支架底部连接有第三叶轮；所述内轴穿过框式支架和第三叶轮的中心孔，并在框式支架内部空间固定有第二叶轮，所述第三叶轮下侧的内轴上固定有第四叶轮。本实用新型与现有技术相比的优点是：该系统通过同一台电机带动实现搅拌轴上的多组叶轮交替式正反向转动，可高效的提高生物反应器的传质效果。