本实用新型涉及一种黑臭水体处理系统，包括依次设置的过滤箱、吸附箱、净化箱和除菌箱，过滤箱内从上至下设置有若干滤网，过滤箱上设置有水体增氧设备，过滤箱的侧面顶部连通有进水管，吸附箱内从上至下设置有活性炭层和沉水植物，净化箱的顶部固定连接有电机，电机的输出轴固定连接有传动轴，传动轴上固定连接有搅拌杆，除菌箱内安装有紫外线灯，除菌箱的内壁上从上至下依次固定连接有若干交错设置的折流板，除菌箱的底部安装有水质检测仪，除菌箱的侧面底部连通有出水管，进水管和出水管上均安装有电磁阀。本实用新型解决了现有的黑臭水体的处理技术都是在水体变黑发臭的后期才进行治理，治理难度大，因此治理效果不佳的问题。