本实用新型公开了一种小型高效无菌制剂灌装装置，具体涉及灌装装置技术领域，包括底板，所述底板顶部设置有固定板，所述固定板一侧设置有传送带，所述传送带顶部设置有制剂罐，所述固定板顶部设置有支撑杆，所述支撑杆一侧设置有移动杆，所述移动杆一侧设置有灌装机构，所述灌装机构包括固定筒，所述固定筒内壁顶部设置有电机。本实用新型通过设置灌装机构，可以避免当灌装量小，无法使用大型灌装设备时使用人工灌装，节省人力，提高灌装效率，提高装置适用性，同时可以通过提供压力将无菌制剂注入制剂罐，进一步提高灌装速度，储液罐中设有微米级滤网，保证了灌装的试剂干净无杂质。