本发明提供一种生物反应器恒温系统，其技术方案要点是生物反应器恒温系统包括第一恒温装置，第一恒温装置包括底座、套筒和第一恒温调节模块，套筒安装于底座上，且套筒的内侧与底座共同形成上部开口且可供生物反应器放置的容纳空间，第一恒温调节模块包括至少一个帕尔贴，至少一个帕尔贴沿套筒的侧壁进行安装，第一恒温调节模块用于对放置于容纳空间内的生物反应器进行调温并使生物反应器处于恒温状态。利用帕尔贴提供热辐射，对生物反应器进行加热，帕尔贴的热惯性非常小，致冷致热时间快；而且采用帕尔贴使生物反应器恒温系统具有可连续工作、没有污染、不产生回转效应、工作时震动小、噪音小、使用寿命长，安装容易等特点。