本发明涉及物流领域，提供一种用于应急储备不同种类托盘的自动入库方法及系统，包括：S1：入库辊筒线获取托盘和货物，获取托盘和货物的尺寸信息；S2：判断尺寸信息是否满足入库要求，若是，则将托盘和货物运输至称重链条机，获取托盘和货物的重量信息，进入步骤S3；否则将托盘和货物运输至NG辊筒线，将托盘和货物放入回收区，返回步骤S1；S3：将托盘和货物运输至托盘接驳位进行固定，控制单元根据尺寸信息和重量信息确定托盘和货物在货架中的放置位置，堆垛机将托盘和货物运输至放置位置，返回步骤S1。本发明针对不同规格的托盘和货物进行快速对应存放，有效提高应急储备时的存放速度；保证货架上轻下重，规避坍塌风险，提高了货物存放的安全性。