本发明提供了一种输油气管道站场紧急停车系统及其配置方法。所述系统包括设置在站控室侧的电源和数字量输入卡件，以及设置在现场侧的可调电阻和ESD按钮，电源的第一端与可调电阻的第一端和ESD按钮的第一端连接，电源的第二端与数字量输入卡件的第一端连接，数字量输入卡件的第二端通过电缆与可调电阻的第二端和ESD按钮的第二端连接。所述方法包括以下步骤：S1、编制站场紧急停车控制逻辑；S2、配置架构电阻；S3、配置供电电源；S4、获取短路电流值；S5、获取站监测电流值；S6、循环步骤S1～S5直至完成短路电流值和监测电流值的调试。本发明的有益效果可包括：能够及时有效的将生产过程带入事先设定的安全模式中。