本发明公开了一种串联谐振注入式混合滤波系统，包括：电源母线、连接电源母线的负荷以及无源滤波部分；还包括有源滤波部分，所述有源滤波部分包括注入支路、基波串联谐振支路、耦合变压器、输出滤波支路、间谐波滤波器以及控制器，所述间谐波滤波器通过控制器的控制输出间谐波和谐波电流，经输出滤波支路输送至耦合变压器，耦合变压器的输出端与基波串联谐振支路并连后再通过注入支路连接电源母线。所述间谐波滤波器是基于IGBT功率模块及PWM调制技术构成的电压型逆变器。本发明能够有效滤除高压配电系统中的间谐波以及谐波，提高了用电质量，保障了电网安全。