本发明公开了一种闸站群智能控制系统，包括用于采集用于驱动闸门动作的液压缸的动作信息的数据采集单元，驱动闸门动作的液压缸设有多个，其中包括一个基准液压缸和一个以上的从属缸；液压缸的动作信息至少包括液压缸的活塞动量；数据采集单元还用于采集液压缸的活塞对闸门的压力终端侧通信单元接收数据采集单元采集的信息，并将接收的信息发送到控制主机，并从控制主机接收闸门控制信息；控制主机基于数据采集单元采集的信息生成闸门控制信息；本发明能够对圩区内多个闸门进行同时控制，并且能够保证数据传输的有序性和安全性，并通过液压缸修正单元和闸门倾斜校正单元保证闸门动作的安全性，系统稳定性高。