本发明提供了一种低、中水平放射性废物岩洞处置的二次堆码方法，其包括以下步骤：S1，将处置隧洞的内部划分为多个处置单元，堆码时由内向外对处置单元依次进行堆码；S2，一次堆码，在处置单元的一次堆码区内堆码表面剂量率大于第一预设值的第一废物包；S3，一次堆码完成后，对处置单元进行水泥灌浆，在堆码好的第一废物包上方形成一层坚硬且防辐射的工程屏障层；S4，二次堆码，在工程屏障层上部的二次堆码区堆码表面剂量率小于等于第二预设值的第二废物包。与现有技术相比，本发明低、中水平放射性废物岩洞处置的二次堆码方法针对岩洞处置堆码操作进行优化设计，在原有一次堆码的基础上增加了二次堆码操作，能够有效地提高处置隧洞的空间利用率。