本发明提供了应用程序加固方法、系统、设备及存储介质，其中，方法包括：获取应用程序中待加固算法的源代码，将待加固算法的源代码编译出包含指定指令集的目标程序，并对目标程序进行解析得到指定指令集的代码段，将指定指令集的代码段解析为自定义指令集的操作码。本发明将待加固算法的机器码解析为自定义指令集的操作码，并配合专门的自定义虚拟机执行引擎进行解释执行。由于该操作码的指令集是自定义的，逆向者想要弄清所有的映射规则是非常困难的，因此该方案都能够带来良好的应用程序加固效果。