本发明公开了一种利用啤酒酵母废渣生产尿苷二磷酸、腺苷三磷酸和尿苷三磷酸的联产制备工艺，其特征在于，包括以下步骤：先收集啤酒酿酒过程中产生的啤酒酵母废渣；再采用破壁剂进行酶转化；将酶转化后的酵母进行水解反应；对水解后的混合液进行去蛋白超滤，将超滤液经脱盐液脱盐浓缩后进行上柱吸附出核苷酸；对核苷酸进行分级洗脱，分别收集出尿苷二磷酸UDP、腺苷三磷酸ATP以及尿苷三磷酸UTP；回收腺苷三磷酸ATP以及未转化的尿苷三磷酸UTP；并对尿苷二磷酸UDP进行纳滤浓缩，将得到的浓缩液进行脱色吸附，得到尿苷二磷酸UDP吸附液；对尿苷二磷酸UDP吸附液进行结晶干燥，得到尿苷二磷酸UDP粉；对尿苷二磷酸UDP粉进行真空包装，完成尿苷二磷酸的制备。