本发明属于地基处理抗液化技术领域，提供一种碎石桩排水结构的可视化淤堵模拟系统及其模拟方法，主要包括：级配模拟装置，包括装置架体和模型槽，所述模型槽的上端开口设置，所述模型槽内形成有若干容纳腔，在所述模型槽的一端设置有进水口、另一端设置有渗水口；竖向应力加载装置，包括气囊和空压机，所述气囊设置在所述模型槽的上端开口处；渗透压力加载装置，包括中间储液罐，所述中间储液罐的输出端连通所述进水口，所述中间储液罐的输入端分别连通有供水源和所述空压机。以及一种可视化淤堵模拟方法。本发明可用于评估碎石料级配的反滤效果及长期服役过程中渗透系数的变化，为碎石桩排水抗液化的效果设计提供更为准确的试验参考数据。