本发明提供了一种巯基百菌清及其合成方法、纯化方法和应用，涉及有机化学合成技术领域。该巯基百菌清的结构式为其合成方法包括将百菌清和巯基化合物于有机溶剂中进行亲核取代反应。该合成方法操作简单，原料易得。此外，本申请提供的纯化方法可以巯基百菌清的反应液进行纯化，以提升巯基百菌清的纯度，该纯化方法简单，容易实施，本申请为生产巯基百菌清标准品提供了一个重要手段，本发明在食品分析、生命科学等多个领域都具有重要的实际应用价值。上述巯基百菌清的纯化方法获得的巯基百菌清可广泛应用于食品分析中以制备用于检测污染物的标准品，该巯基百菌清可以丰富果蔬产品污染物检测中污染物的检测种类，从而提升果蔬产品的安全。