本发明公开了一种基于云飞行管理系统判定机载飞行管理系统的工作模式的方法，该方法包括如下步骤，云飞行管理系统基于所述传感器数据按照预定的规则获得飞机的估计位置、实际导航性能数据以及对应的最优导航传感器数据源，再以估计位置为圆心，与估计位置对应的实际导航性能值为半径生成参考圆。当机载飞行管理单元触发独立工作模式时，云飞行管理系统比对来自机载飞行管理单元的飞机的导航位置信息与参考圆的位置关系，并由此判定维持当前主机载飞行管理单元、切换当前主、从机载飞行管理单元或者采用最优导航传感器数据源生成数据包并发送给机载飞行管理单元以供查看使用。