本发明公开了一种模块化装配式屋顶BIPV系统及其安装方法，包括屋顶机构、底板、支撑架和嵌合槽，所述屋顶机构的顶部安装有两组并排布置的底板，两组所述底板的顶部均安装有支撑架；两组所述支撑架的顶部均设置有嵌合槽；两组所述支撑架的一侧外壁均安装有U型倾斜板，两组所述底板的一侧外壁安装有U型排水架，所述U型排水架的两侧内壁均设置有卡合槽，两组所述卡合槽之间安装有过滤板，所述U型排水架的顶部安装有两组镜像布置的凹槽，两组所述凹槽的内壁均安装有嵌合块，其中一组所述嵌合块的一侧外壁安装有封堵板。本申请中可进行排水过滤，屋顶机构两顶面中的BIPV光伏机构间增加间隙遮盖，且BIPV光伏机构尺寸调节方便，BIPV光伏机构本身拆卸便捷。