本发明提供一种智能河湖浮游生物定位定深取样装置、取样系统与取样方法，涉及河湖浮游生物取样领域。该智能河湖浮游生物定位定深取样装置与取样系统，包括船体与取样系统，所述船体的上表面固定连接有安装板，所述安装板的后表面设置有导辊，所述导辊的侧表面设有钢丝绳，所述钢丝绳远离导辊的一端固定连接有采样机构，所述取样系统包括遥控端与定位模块。通过在采样设备镶嵌一套定位系统基于北斗系统，通过遥控端，采样人员可在陆地上输入需要采集样品的坐标点位，采样设备会自动驾驶到指定坐标监测点位。具有准确、高效等优点，避免人员乘坐船只在湖库中通过GPS反复对比确定监测点位，节约了人力物力。