本发明提供一种具有肾盂结石清除功能的内窥镜、系统及应用方法，内窥镜包括手柄部、插入部和先端部，插入部一端连接手柄部、另一端连接先端部；先端部设有第一工作通道和第一辅助通道，插入部包括插入主体，插入主体设有第二工作通道和第二辅助通道，第一辅助通道与第二辅助通道连通、并形成副通道，副通道用于连接辅助设备及其导线，第一工作通道与第二工作通道连通、并形成主通道；手柄部包括吸引接口和器械接口，吸引接口连接外界负压，器械接口连接操作器械，吸引接口和器械接口分别与主通道连通。将吸引接口接通外界负压，使激光碎石后的结石碎片从主通道中引流回去，并从吸引接口中排出外界，在手术现场即可实现结石清理。