可进行多层水域采集的水利工程水质取样装置及其方法，涉及水利工程技术领域，为了解决水质取样装置不便于灵活的对不同水域的不同水层进行精准的取样，不便于一次性将底层水和底泥进行取样，进一步导致取样数据点片面，导致检测数据误差大的技术问题，本发明通过支撑箱上还对称设置有第一收卷机构和第二收卷机构，第一收卷机构和第二收卷机构结构组成相同，支撑配重块的上端中部设置有传动调节机构，第一收卷机构的输出端依次设置有表层水取样机构、上层水取样机构、中层水取样机构、下层水取样机构和底层水取样机构，可以实现根据不同的水域，对表层、上层、中层、下层的水进行收集，一次性便可收集底层水和底泥，提高检测数据的准确性。