本发明提出了一种适用于低轨卫星网络的分布式用户认证系统及认证方法，认证系统，包括：天基子系统和地面子系统，天基子系统包括多颗低轨道卫星，多颗低轨道卫星分布在多个轨道面，每个轨道面具有多颗低轨道卫星，同轨道相邻卫星之间、及相邻轨道面上相邻的低轨道卫星之间均通过星间链路通信连接；地面子系统与天基子系统通信连接，地面子系统包括：用户机、运营门店及数据中心，用户机具有认证客户端程序，用于供用户登录；运营门店用于提供注册服务；数据中心用于存储合法用户信息；其中，天基子系统中的多颗低轨道卫星按预设排布方式划分为互不重叠的多个认证区域，每个认证区域中均具有用于用户注册和登录进行认证的卫星认证节点。