本发明提出一种恶意代码查杀方法、装置和存储介质，涉及计算机系统安全技术领域。该方法包括以下步骤：将恶意代码特征库与第一恶意代码查杀程序融合，形成第二恶意代码查杀程序；读取所述第二恶意代码查杀程序中的恶意代码特征数据到内存；调用所述第二恶意代码查杀程序，遍历全盘文件，将所述文件与内存上的所述恶意代码特征数据进行对比；如果与所述恶意代码特征数据匹配，则判定为恶意代码；如果与所述恶意代码特征数据不匹配，则判定为非恶意代码。该方法用于解决磁盘中单独存储的恶意代码特征库文件被分析及逆向破解的问题。本发明同时还提供一种恶意文件查杀装置和计算机可读存储介质，均具有上述有益效果。