本发明公开了一种燃料电池的阴极还原方法及系统，该方法包括：判断系统的单次运行时间；是否大于燃料电池阴极还原设定时间，若是，则启动阴极还原流程，包括将负载开关与假负载串联后与燃料电池并联，闭合负载开关接入假负载，以使燃料电池的输出电压降低；当所述输出电压小于或等于预设阈值时，将空气导入所述燃料电池，开始预设时长的阴极还原反应；判断反应后的燃料电池的输出电压是否满足DC/DC电路的工作条件，若是则启动燃料电池的发电流程。本发明提供的燃料电池的阴极还原方法，避免了采用瞬间大电流去除燃料电池杂质时容易影响电池性能的缺点，能够大大提升燃料电池的寿命，不仅实施简单、成本低，且易于推广。