本发明提出了一种基于采集系统的配电网故障指示器精确时间同步方法。采集系统包括采集单元、汇集单元。汇集单元计算首先采集单元的频偏变化率，根据采集单元的频偏变化率计算采集单元的频偏变化率时钟误差，根据采集单元的频偏变化率计算采集单元的同步时间数据帧发送最大间隔时间；然后根据配电线路电流的实时有效值调整汇集单元的广播时间同步数据帧的周期；最后在广播时间同步数据帧的周期内，通过极大似然估计算法对汇集单元与采集单元之间发送同步时间数据帧请求和应答的时刻进行计算，得到采集单元在该广播时间同步数据帧周期内的相位偏差和频偏的估算，修正采集单元在该广播时间同步数据帧周期内的初始相位和时钟频率。