本发明提供一种耐水脱氧催化剂的制备方法，包括如下步骤：以十六烷基三甲基溴化胺水溶液为溶剂溶解金属盐制得金属盐溶液；使用初湿浸渍法将所述金属盐溶液浸渍于载体上，接着将湿润后的载体干燥、还原即可；所述金属盐选自有机铂盐和/或有机钯盐；所述载体为疏水的金属有机骨架。本发明还提供一种由前述的制备方法制得的耐水脱氧催化剂；所述耐水脱氧催化剂应用于含氧氢气的脱氧。本发明在以金属有机骨架材料为载体负载铂和/或钯时，由于溶解机铂盐和/或有机钯盐的溶剂的主要成分是水，因此大大减少了有机溶剂的用量，从而减少了废弃有机溶剂的产生，具有一定的环保效果，大大降低了生产成本，能够满足产量化生产的需求。