本申请实施例中提供了一种基于无线传输的加密配对方法及装置，属于遥控技术领域，基于无线传输的加密配对方法具体包括：在发射端设置加密程序；接收用户输入的管理员密钥，通过管理员密钥对加密程序进行校验；在对加密程序校验成功的情况下，显示接收端选择界面；从N个接收端标识中确定目标接收端标识，设置目标接收端标识对应的单片机配对密钥。通过本申请的处理方案，发射端随机匹配接收端，减少遥控器的发射端与接收端的组装时间，提高工作效率，接收端的单片机配对密钥可随机设置并且唯一，不会出现秘钥重复、一机多从的风险，减少操作人员误操作，确保遥控准确度。