本发明涉及一种量子密码安全应用服务系统及方法，包括量子通信网、量子通信服务器、量子通信终端，量子通信终端若干，量子通信终端间均通过量子通信网分别与量子通信服务器建立数据连接并构成一个量子通信局域网，量子通信局域网若干，各量子通信局域网的量子通信服务器之间通过量子通信网混连。其运行方法包括系统配置、系统设定及系统通信服务等三个步骤。本发明一方面通过设置量子加密系统同时实现对通信数据、设备识别码及工作人员身份密码同时进行量子加密，有效的提高了系统运行认真的可靠性和全面性；另一方面系统可有效的满足多种场合、多种通信数据类型及网络架构环境配套运行的需要，系统结构调整的灵活性、通用性和系统拓展能力好。