本发明公开了一种主轴承主动润滑及清洁控制方法及其系统，涉及主动润滑领域，监测系统用来监测润滑剂的物理状况并向控制系统发出信号；控制系统包括控制器、截止阀和活塞泵；控制器接收来自监测系统中传感器传来的信号，控制截止阀开闭及活塞泵的工作；过滤系统用来过滤润滑剂中的杂质；所述过滤系统设置在主轴承内圈上，主轴承内圈上开设有注脂孔，在控制系统作用下，注脂泵通过注脂管路将润滑剂注入注脂孔从而润滑主轴承，过滤系统将注脂孔内的润滑剂反向抽出过滤；过滤后的润滑剂经过滤系统出口支路流回注脂孔。本发明解决了主轴承润滑系统主动润滑、清洁及润滑系统状态实时监测问题，实现了高效、大批量、连续的润滑系统清洁、供脂和排脂。