本发明提供的磁悬浮飞轮控制系统和方法，包括：磁悬浮飞轮控制模块，用于根据预设运行模式对磁悬浮飞轮转子位置进行调整，并将位置信息和实时作用数据值传送至物联网模块；磁悬浮飞轮充放电模块，用于根据运行模式调整磁悬浮飞轮的实时运行状态，并将相关数据传送至物联网模块；物联网模块，用于接收上述数据，并将该数据传送至上位机；上位机，用于接收物联网模块发送的数据，对磁悬浮飞轮控制模块和磁悬浮飞轮充放电模块进行监控；将控制指令通过物联网模块发送至磁悬浮飞轮控制模块和/或磁悬浮飞轮充放电模块，以执行相应动作。该磁悬浮飞轮控制系统可以实现对磁悬浮飞轮的远程监测与控制，从而使管理人员远离设备，保护人员安全。