本发明提供了一种透射式等离子体综合治疗设备，包括等离子体电源、高频加能系统、治疗发射系统，以及气体辅助系统：所述等离子体电源能够产生具有特定参数的电信号；所述高频加能系统与所述等离子体电源连接，能够产生基于所述电信号的高压电场；所述治疗发射系统与所述高频加能系统连接，能够产生基于所述高压电场的等离子体电子束，并将其电压降到人体可接受的范围；所述等离子电子束能够与工作气体相互作用，温度被降低到降到人体可接受的范围并生成能够穿透射入人体目标位置的等离子体射流；所述气体辅助系统用于提供所述工作气体。本发明结构简单、造价低廉，并且治疗效果好。