本发明公开了一种活性同位素气体多柱分离提纯系统，其包括高真空泵组：用于对全套系统抽空；气体分离模块：利用温度的升降，对稀有气体进行分离；气体标定存储模块：用于提纯气的暂存；阀岛：用于分隔各模块；管路：为混合气体的分离提供真空无烃环境，确保混合气沿指定方向扩散；温度监测模块：设置在气体分离模块上，用于监测气体分离对应的温度；真空及压力监测模块：提供真空度变化的曲线和压力变化的曲线；自动控制模块：实现阀岛控制、泵组控制、真空数据采集、压力数据采集、温度数据采集，并以采集到的数据控制设备运行、进行异常报警、提供数据查询，其可以实现对大规模混合气进行分离，并且管道内能够实现暂存的能力。