本发明公开了一种用于显微镜的超大景深和防震防抖图像处理方法，包括以下步骤：S1、根据显微镜的图像采集场景，判断是抖动检测还是斜面检测，若是抖动检测，则执行步骤S2，若是斜面检测，则执行步骤S3；S2、在不同的瞬点位置拍摄若干张实时图像；S3、划分显微镜的移动行程，在移动行程上设置若干个图像采集点并采集实时图像；S4、提取每个实时图像中最清晰的部分作为合成源图像；S5、将所有合成源图片进行叠加形成最终图像。本发明能够适用于被测物体的被测表面与显微镜严重不垂直、被测面严重不平整或被测物体发生抖动等场合，其能呈现出清晰均匀的图片，且本发明还具有更大的适用环境、减轻了检验人员的工作量等优点。