本申请涉及一种基于快速扫描的脑血流数据采集方法、系统及智能终端。脑血流数据采集方法包括：确定当前的待扫描区域中的扫描序列，基于扫描序列向扫描机构发送路径规划信息；获取扫描机构发送的扫描结果，基于扫描结果确定脑血流数据信息和有效点集；判断当前的待扫描区域内所有采集点是否均进行过扫描；若否，则执行路径更新步骤；基于有效点集，确定区域更新策略，并按照区域更新策略对当前的待扫描区域进行更新，返回区域选定步骤。本申请利用根据实际扫描结果对待扫描区域进行动态调整的方式，减少扫描过程中对不能采集到血流信号的采集点进行扫描的时间浪费，具有提高三维脑血流数据采集的整体扫描速度的特点。