本发明公开了富水软土地区上跨深埋大管线上的基坑支护及施工方法，基坑对应管线两侧的位置设置双排正常段基坑围护桩，对应管线正上方位置设置多根管线段基坑围护桩；在管线段基坑围护桩外侧设置与相应的管线段基坑围护桩形成重力式挡墙的大直径的MJS桩；在管线两侧范围各打设一排与多根大直径的MJS桩形成的重力式挡墙有效搭接形成止水帷幕的MJS桩。施工时，先施工正常段基坑围护桩和管线段基坑围护桩；完成管线两侧的MJS桩，形成加固兼止水帷幕桩后，再施工大直径的MJS桩，并形成重力式挡墙；最后，施工冠梁和第一道混凝土支撑，并进行基坑开挖。本发明避免富水软土地区上跨基坑的深埋大管线迁改，减少基坑开挖对既有管线的影响。