本发明公开了一种基于气象数据的水电站监测预警系统及方法，涉及水电站监测技术领域。该系统包括历史模块，用于获取历史数据，生成安全模型；区域模块，用于设定目标区域；第一气象模块，用于获取目标区域的第一气象数据；第二气象模块，用于获取目标区域的格点气象数据，生成第二气象数据；第三气象模块，用于获取第三气象数据；分析模块，用于根据安全模型，将第三气象数据进行分析运算，生成预警信息；预警模块，用于根据预警信息，在预设地点范围内按照预设预警方式发布预警信息。本发明可获取目标区域的实时格点气象数据及气象预报，为日常水情调度如蓄水、放水提供监测及跟踪服务，为电厂防洪度汛、安全生产提供保障。