本申请提供一种单晶薄膜体声波谐振器及其制备方法、滤波器，涉及滤波器技术领域，方法包括：在临时衬底上依次形成层叠的缓冲层、压电层和第一电极；在第一电极上形成第一键合层；提供基底；刻蚀基底以在基底表面形成多个第一凸块；在基底表面形成覆盖多个第一凸块顶面的第二键合层；将位于多个第一凸块顶面的第二键合层与第一键合层键合；在键合时，由于可以通过刻蚀槽控制第一凸块顶面的面积大小，便可以控制位于第一凸块顶面的第二键合层的面积，从而实现对键合面积的控制。通过对键合面积进行控制，实现了键合要求与键合可靠性之间的平衡。