本发明提出了一种棉花种子加工装置，涉及棉花种子加工领域。一种棉花种子加工装置，其包括安装架，上述安装架沿着高度方向从上到下依次设有去毛组件、座盖和底座，上述底座顶部设有用于放置棉花种子的安装槽，上述座盖设有与上述安装槽匹配的安装凸块，上述安装槽的一端开放，上述座盖朝着上述安装槽的开放端可调节地设于上述安装架，上述去毛组件沿着上述安装槽的长度方向可调节，上述去毛组件相对上述安装槽的一侧设有毛刷端，能够提高去除棉花种子的效率和去毛率。