本发明公开了基因测序装置和测序方法，该测序装置包括存储单元、固定单元、泵体及废液回收单元和第一液路、第二液路、第三液路以及液路控制单元。本方案通过单独的液路控制单元对存储单元与受测芯片的第一液路，以及受测芯片与泵体及废液回收单元的第二液路进行控制，同时设置一条单独的液路控制单元与泵体及回收单元直接连接、不经受测芯片的第三液路，并通过液路控制单元对其进行控制，从而自动化完成芯片在测试前的预洗和测试完成后的清洗工作，相比于现有的基因测序装置具有更高的自动化程度，更大程度地减少了人工处理的操作，避免过多人工介入对检测精确性的影响，进一步降低了检测的技术要求。