本申请公开了一种血液循环辅助装置及控制系统，其中，血液循环辅助装置包括：鞘管，用于安装于血管内，所述鞘管具有近端和远端；第一球囊，设于所述鞘管并处于所述血管内；泵体，设于所述鞘管的远端，具有血流通道以及与所述血流通道连通的血液入口和血液出口，所述泵体用于将心室内的血液泵送至所述血管内；控制器，设于所述鞘管的近端，其被配置为控制所述泵体的运行，以及被配置为间歇地驱动所述第一球囊充气和放气,以使所述第一球囊至少部分地封堵所述血管，以配合所述泵体产生搏动性血流。本申请的血液循环辅助装置以及控制系统，能够产生与患者心脏搏动特性相适配的搏动性血流，促进患者心脏恢复。