本发明提供一种环境DNA远程连续智能采集系统，采集系统用于将水环境的水样采集至滤膜，采集系统包括：换膜过滤装置，其包括滤膜存储区和采样区，滤膜存储区用于存储多个待采样的滤膜，采样区用于放置单个滤膜以进行水样采集，采样区的一端连通进水管道，采样区的另一端连通出水管道，当水样由进水管道流入出水管道时，水样穿过滤膜以进行水环境DNA的采集；进水管道上设置有第一传感器组件和阀体装置，出水管道上设置有气液两用泵和第二传感器组件；控制装置，用于与上述各个装置连接，用于控制气液两用泵进行抽水动作，以完成采样，采样完成后，将滤膜放置于低温储存装置内进行存储。