本发明涉及一种错位电极生物电芬顿循环井系统，至少包括循环井体、抽注水切换组件和井内生物电芬顿组件，抽注水系统用于实现循环井的不同筛段间的抽注水，设置于循环井的第一筛段中的生物电芬顿组件至少包括错位设置的若干电极，其中，电极的若干阴极与若干阳极按照分布区域不同的方式形成空间错位，和/或电极的阴极设置在包覆有质子交换膜的腔室的外部，阳极设置在包覆有质子交换膜的腔室的内部，并且阴极与阳极在电极的轴向方向上错位设置。本发明通过阴极与阳极在空间的错位设置，在保证阴极以氧气为电子受体的同时，极大降低氧气对电极内的阳极室厌氧环境的影响，构建的生物电芬顿体系可以加速循环井中有机污染物的降解。