本发明提供了一种防菌包装生产设备及其方法，包括防菌包生产设备，防菌包生产设备包括工作台，工作台从左至右依次设有贴膜机构、压合烘干机构、放料机构、封口机构、模切机构和余料收卷机构，将第一纸辊上包装纸绕过第一导向辊组穿过支撑辊组、支撑架、压合烘干机构、放料机构、封口机构和模切机构，并固定在收卷辊上，将膜辊上的薄膜穿过第二导向辊组、靠近压合烘干机构一侧的支撑架、压合烘干机构、放料机构、封口机构和模切机构，并固定在收卷辊上，将第二纸辊上的包装纸或贴好膜的包装纸穿过第三导向辊组，并固定在收卷辊上，启动驱动电机，实现抗菌袋生产，全过程减少了工作人员的工作量，减小了工作者的工作强度，大大提高了工作效率。