本发明涉及分子筛合成技术领域，具体涉及一种低硅铝比ZSM‑48分子筛的水热合成方法及其应用。本发明所述的合成方法，是以1,6‑己二胺为单一模板剂，通过晶种辅助，对水热体系进行预晶化及晶化；其中所述水热体系中，模板剂、硅源、铝源、水和碱金属的摩尔比为(0.1‑0.5):1:(0.005‑0.05):(20‑100):(0.03‑0.2)。本发明提出的水热合成方法以较少量的单一低廉的模板剂合成得到颗粒形貌良好、结晶度较高、低硅铝比的ZSM‑48分子筛，大大降低了模板剂成本，且所得分子筛硅铝比可调范围较大，在加氢异构化反应中有较好的应用前景；同时所述合成方法具有整体生产成本更低、合成周期相对较短的优点，大大提高了经济效益，更有利于分子筛的大规模生产。