本发明提供了一种深度脱氮潜流人工湿地系统，包括床体，还包括设置在床体内的第一潜流湿地床和第二潜流湿地床，第一潜流湿地床底部设置有第一透水钢板，第二潜流湿地床底部设置有第二透水钢板，第一透水钢板与床体底部之间形成底部输水层，第二透水钢板与床体底部之间形成底部进水层，底部输水层和底部进水层连通，进水管与第一潜流湿地床通，出水管与第二潜流湿地床连通。本发明将上下分布湿地形式改进为左右分布形式，能有效分开厌氧区和好氧区，再利用回流管实现污水回流，从而实现湿地的深度脱氮功能。