本发明公开了一种船用的耦合脱硫塔的双蒸发器的有机朗肯循环系统，包括并联布置的第一、二蒸发器，第一蒸发器内的工质吸收烟气中的热量蒸发，第二蒸发器内的工质吸收脱硫塔所附属冷却塔内冷却海水的热量蒸发，共同产生高温高压的蒸气；膨胀机连接于第一、二蒸发器，高温高压的蒸气进入膨胀机中做功，驱动发电机发电，发电完成后的蒸气进入冷凝器，被海水冷凝成低温的液体，冷凝器通过工质泵加压将低温的液体送回至第一、二蒸发器中；脱硫塔，其通过烟道与船舶柴油机连接，烟气输出至脱硫塔冷却、脱硫。本发明实现了对烟气高温、低温品位的热量回收利用，解决了低于酸露点的温区的烟气热量难以回收的问题，同时又可提高烟气脱硫效率。