本发明涉及城市轨道病情防治领域，具体为一种城市轨道交通的流行病防治效果评估系统，包括效果评估平台和用户端，用户端内设置有登录验证单元，效果评估平台内设置有处理器，处理器通信连接有轨道分析监管单元、人员监管分析单元、病情监管单元和防治评价计算单元，用户端用于用户进行账号的登录验证，依据验证的结果生成登录成功信号跳转至效果评估平台；本发明是通过对尘世轨道的站点影响数据，乘坐人员的分布影响数据以及病患人员的轨迹影响数据进行关联度分析，从而分析城市轨道的流行病防治，增加数据分析的精确性，节省分析数据所消耗的时间，提高工作效率。