本发明涉及一种基于点源源谱和河道水质信息的未知污染源解析方法，其步骤如下：步骤1：在目标河段中，利用水质模型正向模拟分析河段中已知点源源谱在目标断面形成的水污染成分谱；步骤2：将目标断面的水质监测数据代入污染来源解析算法，得到目标断面的各污染来源及其成分谱；步骤3：将步骤2所得各污染源的成分谱与步骤1所得点污染源在目标断面的成分谱相比较，找出污染因子差异；步骤4：根据地区特征与水化学先验知识，判定污染因子差异的来源，对未知污染源进行归纳与命名；步骤5：将各水质信息归入地方水质信息库。本发明基于点源源谱和河道水质数据，获取未知污染源源谱，使其具有成本低、信息量大、可操作性强和准确性高等特点。