本发明公开了一种FPGA程序动态加载装置、方法及卫星信号采集预处理板卡，该装置包括：第一FPGA芯片、第二FPGA芯片和存储模块；第二FPGA芯片分别与第一FPGA芯片、存储模块以及上位机连接；上位机用于编译并存储第一FPGA芯片运行的算法程序；第一FPGA芯片用于运行算法程序以对卫星信号数据进行处理；存储模块用于存储第二FPGA芯片的运行程序；第二FPGA芯片用于：从存储模块读取运行程序并启动，启动后从上位机获取算法程序并将算法程序加载到第一FPGA芯片；以及，当上位机改写算法程序后，将上位机改写后的算法程序加载到第一FPGA芯片。实现简化FPGA算法程序的改写操作。